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人体微生态系统（microbiome）由各种细菌和微生物共同构成，保持着精妙但非常重要的平衡。它时刻在变化，同时抵御来自体内外的致病微生物侵袭，包括细菌、寄生虫、真菌和病毒。
在某些情况下，这些致病微生物可能会在消化道中长期定居，或引发持续性消化症状，如腹泻、腹痛、胀气和腹胀。虽然药物治疗可以清除这些病原体，但许多草本提取物与天然抗菌营养素也可以更温和地起到替代作用。
辛酸（Caprylic Acid） 是一种中链脂肪酸，天然存在于椰子油、棕榈油以及母乳中。虽然具有广谱抗菌功能，但最著名的是其抗念珠菌（Candida）能力。念珠菌是人体肠道中天然存在的菌种，但极易在抗生素使用或压力等因素影响下失控增殖。辛酸在体内外念珠菌感染中均被传统使用，并取得良好效果。
丁香（Clove, Syzygium aromaticum） 是一种传统用于抗菌及抗真菌的草本植物，特别是对白色念珠菌（Candida albicans）有显著效果。研究发现，丁香能破坏念珠菌形成的保护性生物膜（biofilm），而这种生物膜使其对抗真菌药物的抵抗力可提高1000倍以上，因此其破膜作用尤为关键。
小檗碱（Berberine） 是存在于黄连、俄勒冈葡萄和小檗等植物中的强效生物碱。虽然大量临床研究关注其对血糖、胰岛素和代谢功能的改善作用，但小檗碱同时也是一种广谱抗菌成分。研究证实它能抑制多种病原体的生长、毒素形成、粘附行为及病毒复制，还能改善肠道紧密连接结构，减少肠道通透性，促进丁酸（butyrate）等抗炎物质的内源合成，并调节胃肠蠕动。
牛至油（Oregano Oil, Origanum vulgare） 长期被用于提升免疫力、抵御感染、促进消化，是一种广谱而强效的天然抗菌剂。其主要活性成分是香芹酚（Carvacrol），还有百里香酚（Thymol）等。动物研究表明，牛至油在对抗金黄色葡萄球菌和白色念珠菌感染的小鼠中可显著提高存活率（30天内分别提高至43%和80%）。此外，它还能有效减少体内寄生虫数量。
黑胡桃壳（Black Walnut Hull, Juglans nigra） 是民间常用的抗寄生虫草药。体外研究显示其提取物具有抗真菌、抗菌和驱虫（抗蠕虫）作用，主要归功于高达45%的单宁含量。
类似地，艾蒿属植物（Artemisia） 也被传统用于抗寄生虫，其中苦艾（Artemisia absinthium） 因其所含青蒿素（Artemisinin） 成分，更是成为现代对抗疟疾的重要天然药物。苦艾不仅对白蛉、毛滴虫、疟原虫有效，还具有抗菌、抗真菌和保肝作用，并因其苦味特性，被欧洲多国医疗机构列为开胃、助消化与促进胆汁分泌的草本药材。
百里香（Thyme, Thymus vulgaris） 是常见的调味草本，同时也用于缓解腹绞痛、消化不良等问题。其所含的酚类与类黄酮成分（如百里香酚、香叶醇、土木香醇）可发挥抗菌、抑制病菌黏附及破坏生物膜的作用。研究表明，百里香甚至能抵抗多重耐药性金黄色葡萄球菌（MRSA）等顽固性病原体。
Cyto-Matrix复合黑胡桃（Black Walnut Matrix）将上述多种天然抗菌植物与活性成分整合在一起，为肠道菌群失调（Dysbiosis）或感染相关问题提供有效支持。该配方中的成分能有效针对病原性细菌、寄生虫、真菌（尤其是念珠菌）及病毒，同时具有抗生物膜能力，帮助清除已建立防护结构的顽固微生物。
