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健康的免疫系统保护身体免受疾病和外部世界的侵害。我们都曾经历过免疫系统未能成功防御的情况——普通感冒、流感和鼻窦炎只是一些可能发生的疾病。通常，这些疾病是短暂的，症状仅持续到免疫系统恢复并作出反应为止。在更糟糕的情况下，免疫系统会错误地攻击健康细胞、组织和器官，导致功能失调。这种无法区分自身与非自身的现象统称为自身免疫性疾病。
目前已识别出超过80种自身免疫性疾病。这些疾病是多因素的，触发因素包括环境和遗传。自身免疫病的典型病理过程通常包括炎症、肠道菌群失调、肠道通透性增加（肠漏）和微量营养素缺乏。在自身免疫性疾病患者中发现Th1/Th17与Th2/Treg细胞之间的失衡，Th1和Th17推动促炎细胞因子的过度产生。鉴于自身免疫性疾病无法治愈，目标是引导患者进入缓解期并帮助他们维持缓解状态，同时管理这些病理过程。幸运的是，许多自然疗法已被证明可以改善自身免疫性疾病的症状和免疫标志物。
免疫系统与消化道密切相关，后者是抵御外部世界的第一道防线。多项研究发现，与健康对照组相比，自身免疫性疾病患者的肠道微生物群组成显著不同，而我们知道微生物群在免疫系统的启动、调节和维持中起着重要作用。
基于此，益生菌有益于免疫调节似乎是合乎逻辑的。确实，多项研究证明了益生菌调节免疫系统并积极影响临床终点的能力。例如，凝结芽孢杆菌是一种形成芽孢的益生菌，能够使免疫系统的定量参数（如脾淋巴细胞、巨噬细胞和T淋巴细胞的数量）以及细胞的功能活性正常化，从而促进宿主免疫系统功能。一项双盲临床实验显示，凝结芽孢杆菌PTA-6086是减少自身免疫患者疼痛标志物和改善活动能力的有效疗法。
如前所述，成功管理自身免疫病需要胃肠道支持和炎症管理。这可能部分解释了为什么姜黄素——姜黄中的活性成分，具有强大的抗炎特性——在自身免疫病中显示出如此大的潜力。姜黄素最常用于管理疼痛和炎症，但也已被证明通过恢复Th17/Treg和Th1/Th2平衡来平衡免疫系统。此外，在一项分析31项随机对照试验的荟萃分析中，姜黄素被发现通过减少炎症和提供抗氧化支持，在10种不同的自身免疫性疾病中是有效的治疗方法。具体来说，姜黄素可抑制NF-kB过度活性并抑制促炎细胞因子，如IL-17、IL-1、IL-6、IL-23、TNF-α和IFN-γ。
另一种广为人知的抗炎化合物是槲皮素，它更常用于稳定体内组胺和过敏反应。槲皮素是一种存在于苹果、洋葱和各种浆果中的天然类黄酮化合物。最重要的是，槲皮素在多种靶组织中具有抗炎、抗氧化和抗过敏作用，并在包括多发性硬化症在内的几种自身免疫病的管理中显示出改善。
除了姜黄外，多种草药提取物也具有免疫调节作用。黄芪（Astragalus membranaceus）已被证明具有免疫调节和抗炎作用，这或许并不令人惊讶，因为它常用于预防普通感冒。具体来说，它已被证明在实验性自身免疫脑脊髓炎的发病机制中调节活化CD4+ T细胞的分化和诱导其凋亡。
黄芩（Scutellaria baicalensis），可能通过其活性成分黄芩素的作用，抑制Th17和Th1分化，增加Treg细胞产生，并抑制促炎细胞因子，如IL-17、TNF-α和IFN-γ。多项使用实验性自身免疫病的动物研究显示，临床终点和免疫标志物均有积极结果，包括实验性自身免疫脑脊髓炎中枢神经系统的炎症和脱髓鞘减少，以及自身免疫性葡萄膜炎的眼内炎症减少。
类似的功效也能在水飞蓟（Silybum marianum）中观察到，这种著名的保肝草药含有水飞蓟素和水飞蓟宾。水飞蓟下调Th1分化，促进Th17凋亡，并抑制相同的促炎细胞因子IL-17和TNF-α。最后，水飞蓟宾可作为雌激素受体β（ERβ）的激动剂，这一点很重要，因为ERβ表达低下与系统性红斑狼疮等自身免疫病的疾病活动增加相关。
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